בג"ץ דחה עתירת בן-ארצי להכיר בו כפציפיסט
בן-ארצי שוחרר משירות בצה"ל בשל "חוסר התאמה", אך הוא התעקש כי הצבא יכיר בו כפציפיסט. שופטי בג"ץ הסבירו כי לא יתערבו בהחלטת צה"ל, אך "ייאותו שר הביטחון וצבא הגנה לישראל להפקיד בידי יונתן בן-ארצי מכתב המבטא את גישתם העדכנית לסירובו לשרת, לפי נוסח המכתב שהציעו בו כתבו כי אינם שוללים את העובדה שהוא אולי פציפיסט"
בג"ץ דחה הבוקר (יום ד') את עתירתו של יונתן בן-ארצי, שביקש מבית המשפט להורות לצה"ל שיכיר בו כסרבן מצפון. על פי הגדרות הצבא, בן ארצי מוכר כ"לא מתאים לשרת בצה"ל". בן-ארצי, אחיינה של שרה נתניהו, רעייתו של שר האוצר, סירב להתגייס לצה"ל בטענה כי הוא פצפיסט בשנת 2000.
השופטים, דורית בייניש, סאלים ג'ובראן ואליעזר ריבלין, כתבו בהחלטתם לגבי דחיית העתירה: "גם לאחר דחיית העתירה ייאותו שר הביטחון וצבא הגנה לישראל להפקיד בידי יונתן בן-ארצי מכתב המבטא את גישתם העדכנית לסירובו לשרת. נוסח המכתב שהציעו לפיו הם אינם שוללים את העובדה שהוא אולי פציפיסט. יש לקוות כי בכך יוצא עיקר העוקץ מאי ההכרה בסרבנות פציפיסטית שבן ארצי מבקש כי תוכר".
בן-ארצי עצמו אמר ל-ynet: "אני רואה זאת כניצחון שלנו. המטרה שלי היא לאפשר חופש מצפון בישראל. על אף שהשורה התחתונה טכנית היא לטובת הצבא, אין ספק שמוראלית זוהי פסיקה בעדי כמו כל פסיקה שהיתה קודם לכן. העבודה הבלתי תקינה של הצבא, ויחסו לאנשים מצפוניים נחשפת שוב ושוב".
בא כוחו, עו"ד מיכאל ספרד, אמר: "גם היום בג"ץ ממליץ לצבא לתת מכתב שאומר שהוא אינו שולל את העובדה שבן-ארצי הוא פציפיסט. זאת למרות שבית המשפט העליון אמר שעצם העובדה שהוא שוחרר מצה"ל מסיבה כלשהי, מחלישה את הצורך להתערבות בית המשפט. עדיין זהו ניצחון טכני של הצבא וניצחון מוסרי של יונתן. בסופו של דבר נמנע בית המשפט מלהתערב. חבל, שהרי כל רשות במדינת ישראל חייבת ביקורת שיפוטית".
מאז שנת 2000 יוצא ונכנס בן-ארצי בשערי הוועדה הצבאית שדנה בבקשות לפטור מטעמי מצפון וגם נכנס ויוצא משערי בית משפט עליון ומערכאות משפטיות אחרות. בסופו של דבר לאחר 19 חודשים שבילה בן ארצי בבית הכלא הצבאי על סירובו לשרת בצבא, קיבל פטור משירות צבאי עקב אי התאמה.
למרות זאת, עתר בן-ארצי לבית המשפט העליון בטענה שאין הוא לא מתאים לשרת בצה"ל אלא איננו רוצה מטעמים מצפוניים לשרת בו, ולפיכך ביקש פעם נוספת מבג"ץ להתערב ולהורות לצה"ל לתת לו מכתב כי הוא משוחרר מטעמים פציפיסטים.
בן ארצי אמור לרצות עוד ארבעה חודשי מאסר בכלא, לאחר שבית הדין הצבאי ביפו גזר בשנה שעברה מאסר בפועל על סרבן הגיוס. הוא אף חוייב לשלם קנס של 2,000 שקלים. בן-ארצי ערער על גזר הדין בבית הדין הצבאי לערעורים. אם ערעורו יידחה, הרי שהוא יהיה האזרח הראשון שיישב בכלא צבאי.
בעבר כבר ריצה בן-ארצי שבע תקופות מחבוש שהסתכמו ב-200 ימים, אותם בילה בבתי כלא צבאיים.
בן ארצי הורשע בסוף שנת 2003 בסרוב פקודה. בהכרעתם ציינו השופטים בבית הדין הצבאי ביפו שהם סבורים שבן ארצי "לא שיקר לגבי צפונות לבו - ולא הגיע מתוך ניסיון לרמות או להשיג פטור". בתחילת שנת 2004 עתר בן ארצי לבג"ץ נגד החלטת הוועדה הצבאית למתן פטור משירות צבאי מטעמי מצפון, שלא לפטור אותו משירות צבאי.
העונש המקסימלי על סרבנות הוא שלוש שנות מאסר בפועל, אולם עד כה ניתן עונש מקסימלי של חצי שנת מאסר, על עבירת סירוב לשרת בצה"ל מטעמי מצפון.
עם זאת, על חמישת סרבנים, נעם בהט, אדם מאור, חגי מטר, שמרי צמרת ומתן קמינר, נגזרה שנת מאסר אחת, אולם זאת לאחר שבית הדין הצבאי קבע כי לא מדובר בסירוב מטעמי מצפון אלא בסירוב פוליטי, שמטרתו להשפיע על מדיניות הממשלה ודעת הקהל.
לפנייה לכתב/ת 
